据台湾《联合报》报道，台湾嘉义县文化资产审议会决议将台铁水上乡南靖车站登记为历史建筑，预计8月公告，连同已公告为县定古迹的林铁竹崎车站，糖铁蒜头糖厂五分车站，县辖台铁、林铁、糖铁等三大铁道，各有一座具文资地位的车站，见证三铁历史，可带动发展铁道观光文化之旅。

文观局说，南靖火车站原设于1901年，设点为水上乡水掘头（现水上站），1910年为配合南靖糖厂设厂，执行运糖相关业务，将车站移至现址，1941年站房因地震倒塌，1943年改建成现今原貌。

建筑形式上，南靖车站规模及格局为日据时期典型的小载客量车站作品，现今车站本体构造型式、门窗、座椅、檐口天花，均保留始建时样式。墙体为编竹夹泥墙，建筑物形貌构造及屋檐作法均特别。

车站2021年由民众提报登记为历史建筑，经文化资产审议会决议登记为历史建筑，登记名称为“南靖车站”，种类为车站，范围包括站体本体以及站旁附属建筑。

登记理由则为建筑物站体结构形制优美，是嘉义少数保留的日据时期车站建筑；建筑物之构造形式、门窗、座椅、檐口天花等皆保留原有风貌；建筑物反应南靖发展历史；建筑物反应嘉义重要产业物流历史。

两处古迹车站中，林铁竹崎车站是阿里山森林小火车沿线车站中，仅存木造车站中仍有售票营运，此站是小火车平地线与登山线间交会点，具有历史价值与意义。糖铁蒜头糖厂五分车站以砖瓦、红桧构成，四周为开放格子玻璃窗，右侧设回廊，现为五分车售票和起点处，是拍摄热门景点，不少影视剧都曾在这里取景。